Während der Prozessanalyse werden die Aktivitäten mittels einer Tätigkeitsanalyse ermittelt. Dies ist die aufwendigste und zugleich wichtigste Arbeit bei der Einführung einer Prozesskostenrechnung. Das betriebliche Geschehen wird in einzelne Aktivitäten und Teilprozesse zerlegt. Diese Analyse kann mittels Aufzeichnungen, Befragungen von Mitarbeitern und Multimomentaufnahmen erfolgen. Bis zu welchem Detaillierungsgrad die Erfassung stattfindet ist von Unternehmen zu Unternehmen unterschiedlich. Wichtige Faktoren bei der Festlegung des Detaillierungsgrades sind der damit verbundene Aufwand, wie klar die Prozesse definiert werden können und wie gut sich Input und Output der Prozesse quantifizieren lassen.

Im Mittelpunkt der Tätigkeitsanalyse stehen Aufgaben oder Prozesse die sich häufig, in ähnlicher oder sogar gleicher Form wiederholen, da es nur bei diesen Sinn macht, sie mit festen Kosten oder Zuschlagssätzen zu versehen. Tätigkeiten die einmalig auftreten müssen gesondert bewertet werden. Der Einsatzbereich der Prozesskostenrechnung beschränkt sich daher auf repetitive Aufgaben mit geringem Entscheidungsspielraum.

Wie man am oberen Beispiel erkennen kann lässt sich diese Methode auch ohne besondere Probleme in der Logistik anwenden.  Im oben auf-geführten Beispiel wird die Aufgabe lagern in sechs Teilprozesse zerlegt. Die nun ermittelten Prozesse werden anschließend durch kostenstellenübergreifendes Zusammenfassen zu Hauptprozessen verdichtet. Diese dienen dann zur Ermittlung der Prozesskosten.