Ein Luftfrachthub ist mit Kosten verbunden: Es fallen nutzungsabhängige Entgelte für Starts und Landungen an. Lagerhallen und Umschlag­einrichtungen sowie die Mieten für Gebäude direkt am Flughafen sind fixe Kosten, die ebenfalls in die Kalkulation eines Hubs einfließen.

Die Kostenstrukturen an den für Luftfrachthubs in Frage kommenden Flughäfen in Europa sind sehr unterschiedlich; zum einen in Bezug auf die Start- und Landeentgelte, zum anderen in Bezug auf die fixen Kosten. Da diese Kosten einen großen Teil bei den Airlines ausmachen, sind selbige für die Standortwahl ebenfalls ein entscheidender Faktor.

Weitere Kosten entstehen den Airlines für die Dienste der Handlingagenten, die beim Be- und Entladen sowie beim Sortieren der Sendungen zum Einsatz kommen. Diese Tätigkeiten werden oft nicht von den Carriern selbst durchgeführt, sondern an Cargo Handling Agents outgesourct. An machen Flughäfen wie beispielsweise am Frankfurter Flughafen Fraport haben die Carrier gar nicht die Möglichkeit die Be- und Entladung selbst vorzunehmen. Dort ist reglementiert, dass dies durch die Handlingagenten geschehen muss.

Der Frankfurter Flughafen wird in der Fachpresse aktuell dafür kritisiert, dass Start- und Landeentgelte rund zehn Prozent über dem durch­schnittlichen Niveau europäischer Flughäfen lägen.